Dans l'Algérie indépendante, et avec la disparition des grands clubs des colons européens tels que le Club des Joyeusetés, CAL Oran, Gallia Club d'Oran, AS Marine d'Oran et la JS Saint Eugène ainsi que d'autre clubs dans différents coins du pays. Le Mouloudia Club d'Oran va devenir grand et reconnu comme faisant partie du gotha du football algérien au fil du temps et des années. Il abordera le premier critérium en 1962 sans un réel passé historique et avec un palmarès vierge, à l’opposé du grand USM Oran ou même de l’ASM Oran et le SCM Oran qui ont évolué au sein de l’élite de l’époque.
Le MC Oran va tirer sa force de sa base populaire importante, de par son implantation géographique située au cœur d’El Hamri et s’appuyant sur, non pas une poignée d’hommes, mais sur un groupe élargi de mécènes, dévoués et compétents, le Mouloudia allait entreprendre lentement la construction d'un grand club imposant dans le championnat national en moins d’une décennie.
Son recrutement intelligent et de qualité lui permit de compter dans ses rangs de remarquables footballeurs tels Cheikh Ouaddah, Mohamed Chibani Bahi, Miloud Hadefi, Souilem Gnaoui, les frères Naïr, Abdelkader Freha, Hamida Karim, Bouabdellah Nehari, Hamid Belabbes, Krimo, Ali Embarek, Abdelmadjid Belgot, Larbi Mahnane et le légendaire Benaouda Boudjellal « Tchengo » revêtirent la casaque rouge. Le public suivait évidemment et cette popularité vite acquise incita les dirigeants à faire bâtir un grand club. Pour ce faire il se dota d’un cercle flambant neuf majestueux, le fameux San Remo qui aura un impact important sur le futur grand MCO, car à partir de cet instant le Mouloudia attira de plus en plus d'investisseurs fortunés pour la plupart qui allaient travailler dans la plus grande harmonie avec les pionniers plus modestes mais sincères et dévoués qui mettront leur temps leur énergie et leur savoir au service du club.
Le championnat de l'Algérie indépendante verra le Mouloudia d'Oran qualifié au tournois final pour les deux premières saisons 1962-1963et 1963-1964 qui étaient composé de trois groupes (Alger, Oran et Constantine), il terminera deuxième du groupe d'Oran dans les deux saisons, une place malheureusement non qualificative pour les demi-finales, mais cette place lui vaudra déjà un statut d'un club à craindre car les résultats n’allaient pas tarder à se profiler, même si à l’époque le MCO était affectueusement surnommé le Bordeaux du football algérien parce qu’il jouait souvent les premiers rôles mais n’était pas pour autant le premier, surtout lorsqu'il sera vice-champion deux fois consécutivement, en 1967-1968 et 1968-1969 avec Abdelkader Freha meilleur buteur dans les deux saisons, ou alors il sera privé d’une Coupe qui lui tendait les bras en 1965-1966 même s'il y avait à l'époque une grande équipe qui était le CR Belcourt appelée « Grand Chabab » nommée plus tard CR Belouizdad qui dominait le football algérien dans les années 1960'.